La Autonomía Universitaria es un elemento único de la universidad pública latinoamericana. El término autonomía universitaria, los teóricos clásicos de la reforma universitaria, la comprenden como la capacidad administrativa, política, académica y cultural de ser la universidad la que establece su propio gobierno universitario y su desarrollo académico, sin injerencia de los sectores políticos y económicos de un país. Lo que no es propio pensar que la universidad funciona como un sistema extraterritorial al margen del poder infraestructural del Estado, ha sido este elemento, el que históricamente ha limitado el quehacer autónomo de la universidad. Bajo garantías constitucionales la universidad pública guarda total relación con el Estado-Nación y contribuye en materia de preparación técnica, científica, cultural, ciudadana y artística de los ciudadanos para responder a las exigencias sociales. Bajo estos mecanismos (institucionales y académicos) la universidad mantiene total relación con la sociedad.

El dilema de la autónoma universitaria y su relación con el Estado, han estrellado en relaciones erróneas y perversas, y es por ello que siempre vemos como los grupos hegemónicos tratan de dictaminar la política educativa pública nacional, dirigida hacia la colonización del pensamiento. Según algunos teóricos de la autonomía universitaria este hecho pasa por considerar dos elementos: primero, el globalismo, comprendido como la cosa social que dicta pauta en materia educativa para que la universidad pública opte por elementos de carácter privado (individualismo, competencia, corporativismo, beneficio y la utilidad) directrices establecidas por el Banco Mundial y el Fondo Monetario Internacional; como segundo elemento, el racionalismo económico, en los últimos años la universidad pública ha experimentado los más profundos recortes gubernamentales de presupuesto público, lo que ha conducido a que los procesos de reforma académica priorice elementos de eficiencia, eficacia y rentabilidad, orientados a  priorizar el gasto público. La universidad nacional de Honduras avanza a términos desesperados en esos dos grandes y nefastos compendios de política educativa externa.

En ese amplio contexto la autonomía de la universidad nacional de Honduras presenta distintas características. Por un lado, históricamente, hemos tenido una universidad desentendida de la problemática nacional y en la cual su sistema administrativo, académico y político está secuestrado por élites políticas-intelectuales conservadoras y reaccionarias, por otro lado, el avance de la globalización educativa ha conducido a que se opte por un modelo de autonomía universitaria perverso y desolador ante el compromiso académico-social de la universidad. Hoy tenemos un proceso de autonomía desentendido de la reforma universitaria, es decir, que autonomía y reforma universitaria es un juego semántico reducido al vacío práctico de la universidad, en la cual, la autonomía universitaria es violentada para imponerun Neoliberalismo y  Capitalismo Académico, la autonomía universitaria es un mal de siglos que daña la imagen del mercado y la libre competencia educativa y es por ello que la militarización constante, es el único medio para legitimizar su orden político y su racionalidad económica: basta con revisar el actual proceso de reforma académica para darse cuenta de esos dos elementos.

Cuando la autonomía es secuestrada y violentada por las élites militares, políticas e intelectuales, los procesos de reforma universitaria no son más que la reproducción social del sistema imperante en una sociedad. No puede existir ruptura entre autonomía (auto gobierno universitario) y reforma universitaria (auto proceso académico), cuando el pacto se diluye, la autonomía es un cascarón vacío. Eso sucede en la máxima casa de estudios, la injerencia de los militares al alma mater pone en evidencia tres cuestiones: primera, la relación que existe entre el que gobierna al Estado y quien dirige la universidad, relación perversa y retrógrada que pone en detrimento el sentido público de la educación; segundo, el Estado depredador en relación con la universidad depredadora, que mal gasta sus esfuerzos en mantener una política represiva contra los grupos opositores y estudiantes opositores; y tercero, la necesidad de avanzar en la construcción de un nuevo pacto universitario, ya que la actual gobernanza universitaria, ha sobrevalorado su crisis y se dirige a un estallido político estudiantil. La universidad nacional no es autónoma, ni en su forma de gobernarse, ni en la manera que dicta su propio régimen académico.

Comprender los procesos de autonomía universitaria concatenados con los procesos de reforma universitaria es profundizar en las fuerzas políticas e intelectuales que determinan los procesos políticos en la universidad pública. De esa forma estaremos apuntalando a una visión integral y totalizante de esta nueva fase de crisis universitaria en la universidad nacional.

La universidad pública latinoamericana, no solo presenta una característica única de poseer autonomía, sino que también, la conquista por la autonomía fue el resultado de  luchas estudiantiles y no de autoridades universitarias ni una regalía de los gobiernos nacionales. Es por ello que el sentido político estudiantil destalla ante el rechazo de la bota opresora y del despotismo absolutista de las autoridades universitarias. El malestar colectivo y genérico de la multitud estudiantil es una cuestión que arde en estridentes cuando la élite militar e intelectual invade bajo su sombra la más oscuras verdades y realidades ocultas.

El movimiento estudiantil universitario, dotado de todo conocimiento sobre la autonomía universitaria, va estableciendo una mira critica de la misma, cuando el tolete es la cátedra del día y cuando el militarismo es la receta científica para solucionar los problemas, la histeria colectiva arderá bajo la razón académica de los y las estudiantes universitarios, que bajo los escombros rotos de la autonomía, figuran nuevas dimensiones teóricas y prácticas de la misma.

La militarización constante de la universidad responde a dos lógicas: primero, la reproducción de la violencia en base a la organización y reproducción social, este elemento es el encargado de velar por la consolidación de la institucionalidad universitaria bajo fuertes valores autoritarios y absolutistas, como también, la profundización de una cultura ideológica de violencia militar encaminada a profundizar el poder hegemónico de las élites políticas e intelectuales; segundo, la reaparición de la violencia directa y estructural en manos del Gobierno bajo sus perros guardianes que tratan de disipar la protesta estudiantil. Bajo estos elementos,  la universidad es un flanco de resguardo militar permanente, precisamente por ser la universidad pública el espacio social en el cual se recrea la ciencia crítica, reflexiva y propositiva. La militarización de la universidad responde a un lucha ideológica entre autoridades y sectores estudiantiles universitarios, los primeros por mantener el estado actual de la cosas y los segundos por poner en cuestión el rumbo y dirección del actual proceso de reforma universitaria.